शीना बोरा हत्या केस में जेजे अस्पताल को 2012 में भेजे गए अवशेष गायब हो गए हैं। अभियोजन पक्ष ने सीबीआई कोर्ट में यह जनाकारी दी है।सीबीआई सूत्रों की मानें तो इससे उनका मामला कमजोर नहीं होगा, क्योंकि वो पहले ही अवशेषों की जांच करने के बाद डीएनए रिपोर्ट कोर्ट में दिखा चुके हैं, जिससे यह सबित हो चुका है कि अवशेष शीना बोरा के ही थे।सीबीआई के मुताबिक शीना बोरा (24) की अप्रैल 2012 में हत्या कर दी थी। आरोपी इंद्राणी मुखर्जी, उनके तत्कालीन ड्राइवर श्यामवर राय और पूर्व पति संजीव खन्ना ने चलती कार में कथित रूप से गला घोंटकर शीना को मार डाला था। हत्या के बाद शव को पड़ोसी रायगढ़ जिले के एक जंगल में कथित तौर पर जला दिया गया था। बोरा पिछले रिश्ते से पीटर मुखर्जी की बेटी थी। श्यामवर राय को एक अन्य मामले में गिरफ्तार किए जाने के बाद 2015 में कथित हत्या का मामला सामने आया था।कथित तौर पर साजिश का हिस्सा होने के मामले में इंद्राणी मुखर्जी के पति और पूर्व मीडिया टाइकून पीटर मुखर्जी को भी गिरफ्तार किया गया था। उन्हें फरवरी 2020 में बॉम्बे हाई कोर्ट ने जमानत दे दी थी, जबकि इंद्राणी मुखर्जी को सुप्रीम कोर्ट से पिछले साल मई में राहत मिली थी।
